أنشئت المستشفى في سنة 1947 بالجهود الذاتية والتبرعات التي تم جمعها من أبناء المحافظة وكانت توأما لمستشفى شبيه لها في سان فرنسيسكو بالولايات المتحدة الأمريكية وابتدأت بهيكلها الأوسط ويمثل الشمس والأشعة تتمثل في أجنحة المستشفى الخمس ولم يكن هناك مبنى الإدارة القائم الآن على شارع الجمهورية.
كانت تابعة لوزارة الصحة وكانت تسمى القصر العيني أسوة بالقصر العيني بالقاهرة وكانت تشمل على خمسمائة سرير وعند بدء المرحلة الإكلينيكية بكلية طب المنصورة عام 1963 تم اقتسام الأسرة بين أطباء وزارة الصحة وأطباء الجامعة
في 17/10/1967 انعقدت الجلسة الأولى لمجلس إدارة المستشفيات لتنظيم الهيكل الإداري لها .
وفي 1/7/1968 أصبحت المستشفى تابعة لوزارة التعليم العالي. 
تلى ذلك إقامة المنشآت داخل المستشفى منها العيادات الخارجية , مبنى الأشعة ، مبنى الباطنه الخاصة ، مبنى الرنين المغناطيسي ، سكن الأطباء ، مبنى جراحة الجهاز الهضمي(مبنى جراحة القلب والصدر حاليا) ، وحدة الخصوبة ، ودار حضانه وورش للمستشفى.